Observatoire ALOSE FEINTE DE MEDITERRANEE

1. Espèces ciblées

Les espèces prioritairement visées dans le cadre du suivi ADNe sont l’Alose feinte de Méditerranée et la Lamproie marine.

Concernant l’alose, l’objectif est la localisation des fronts de colonisation, l’évaluation de la reconquête des milieux après des travaux de restauration de la continuité, ou encore la détection de présence sur les cours d’eau où la colonisation n’est pas encore avérée ou rare. Concernant la lamproie, étant donné la très faible dynamique actuelle de l’espèce, l’ADNe permet d’augmenter les chances de détection et donc de disposer d’indices de présence sur le bassin Rhône Méditerranée.

L’anguille colonise beaucoup plus largement les cours d’eau et les secteurs amont des fleuves côtiers que les deux espèces précédentes. Sa présence n’atteste donc pas de la fonctionnalité de dispositifs de franchissements ou de la récente reconquête des milieux. Les informations relatives aux tailles des anguilles sont bien plus parlantes pour cela, de même que les abondances. L’ADNe ne donnant pas d’indication sur ces deux composantes, l’outil s’avère moins utile pour le suivi de l’espèce.

L’utilisation de l’ADNe est également pertinente pour détecter des espèces d’intérêt patrimoniale ou halieutique comme l’Apron du Rhône (Zingel asper) ou d’autres présentant un intérêt halieutique, comme le brochet (Esox lucius).

2. Résultats des prélèvements 2023

2.1. Résultats globaux toutes espèces :

Les données récoltées dans le cadre du suivi ADNe, ainsi que le tableau bilan concernant l’ensemble des espèces piscicoles, sont hébergées au sein de la base de données de l’observatoire. Pour accéder à cette base de données, merci de compléter au préalable ce formulaire.

En 2025, l’ensemble des échantillons réalisés par MRM n’a permis de détecter la présence de la lamproie marine dans aucun des cours d’eau échantillonnés. Même si la méthode ADNe ne permet pas de certifier l’absence d’une espèce, cette absence de détection va dans le sens des observations de ces dernières années : la Lamproie marine est en train de disparaître du bassin Rhône Méditerranée. Le constat est alarmant pour cette espèce.

2.2. Analyses des résultats par cours d’eau :

 Le front de colonisation du Rhône et de ses affluents par les aloses :

Des prélèvements ont été effectués sur le Gardon en plusieurs points sur la Durance en aval du seuil 68 (objectif lamproie), la Cèze en plusieurs points, sur l’Aigues, sur le Vieux Rhône de Montélimar, l’Eyrieux et la Drôme.

Sur le Gardon, l’alose n’a pas été détectée en amont de l’ouvrage de Remoulins, mais sur les secteurs aval (à Callet, prélèvement réalisé dans le cadre de la recherche de la Lamproie Marine). Il convient de préciser que le prélèvement a été effectué alors que les eaux du Gardon présentaient de forts débits et que les prélèvements n’ont pas pu être menés à terme (7 et 9 litres pour les deux réplicats au lieu de 30 préconisés) causées par des matières en suspension colmatant le filtre. Les autres suivis menés sur ce secteur n’ont également pas permis de détecter la présence de l’espèce. La colonisation du Gardon reste assujettie aux conditions hydrologiques du Rhône et au franchissement du seuil de Beaucaire.

Sur la Durance, la présence de l’alose a de nouveau été détectée, mais en état de trace en 2025 (fortes restitutions au printemps). Pour rappel, les aloses avaient accès à la Durance jusqu’au seuil de Callet (6km de la confluence avec le Rhône). Les passes à poissons des seuils 68, 67 et 66 ont été inaugurées à l’automne 2025, la saison 2026 viendra donc apporter de plus amples compléments. Sur le Rhône, la présence de l’alose a été détectée sur le Vieux Rhône de Montélimar. Les prélèvements réalisés sur l’Eyrieux et la Drôme, actuels objectifs géographiques du PLAGEPOMI se sont révélés négatifs.

Sur la Cèze, la présence de l’alose a été attestée en aval des cascades du Sautadet. C’est un excellent résultat qui intervient pour la seconde année consécutive à la suite de la mise en eau de la passe à poissons de Chusclan. Les résultats sur ce cours d’eau seront à suivre dans les prochaines années afin de s’assurer que la passe soit fonctionnelle dans diverses conditions de débits.

Un prélèvement a été effectué sur l’Aigues, cours d’eau classé en ZAP Alose mais jusqu’à présent orphelin de suivi. Les aloses ont été détectées en aval du premier seuil bloquant.

Les fleuves côtiers :

Sur le Vidourle, le signal est positif à Saint-Laurent-d’Aigouze et le suivi de la reproduction confirme leur colonisation jusqu’à Villetelle. Les observations des années précédentes attestent par ailleurs d’une présence récurrente des aloses en aval de la Roque d’Aubais, front de colonisation théorique.

Sur l’Hérault, deux stations ont été échantillonnées : l’aval de l’ouvrage du moulin de Conas, et l’aval de l’ouvrage de Castelneau de Guers. Les prélèvements réalisés n’ont pas permis de retrouver de traces de l’alose.

Sur l’Orb, les prélèvements effectués à l’amont et à l’aval du pont rouge n’ont pas permis de confirmer la colonisation de ce fleuve côtier par les aloses. Les campagnes de prélèvements antérieures sur l’Orb, exclusivement effectuées sur le secteur aval du fleuve, n’ont que rarement permis de détecter la présence de l’alose, ce qui avait alors fait naître l’hypothèse d’une problématique de continuité écologique dès les premiers ouvrages du fleuve. Néanmoins, de récentes informations poussent à relativiser cette hypothèse : des témoignages de pêcheurs affirmant la présence récurrente de l’espèce sur des secteurs plus en amont, notamment à l’aval du seuil de Tabarka. Ces observations nous encouragent donc à poursuivre nos recherches sur les secteurs de l’Orb situés en amont de Béziers.

Sur l’Aude, le prélèvement effectué est réalisé dans le cadre de la recherche de traces de lamproie marine en aval de l’ouvrage de Moussoulens. Comme chaque année, il est positif pour l’alose.

Sur la Têt, deux prélèvements ont été réalisés : en aval du radier pont Joffre et en aval du pont SNCF. Ces deux prélèvements ont permis de détecter la présence de l’alose, allant dans le sens des observations faites dans le cadre d’autres suivis (pêcherie / reproduction).

3. Protocole de prélèvement

L’ADN environnemental (abrégé ADNe) est une technique de prélèvement qui permet d’identifier les espèces présentes dans un cours d’eau à un instant t, en filtrant puis en identifiant les traces d’ADN qu’elles laissent dans l’environnement. La technique comprend deux étapes :

1- Une phase de collecte, réalisée sur le terrain. A l’aide d’un dispositif permettant d’aspirer des fragments d’ADN contenus dans l’eau, deux opérateurs filtrent l’eau du cours d’eau durant 30 minutes pour concentrer l’ADN.
2- Une phase d’analyse, réalisée en laboratoire. Cette seconde phase mobilise des techniques de biologie moléculaire (PCR, séquençage, amplification, etc.), qui permettent d’isoler les fragments d’ADN provenant de différentes espèces, puis d’identifier les espèces en question. Encore expérimentale il y a quelques années, cette approche novatrice prend aujourd’hui de l’ampleur et trouve de multiples champs d’application en écologie.

4. Objectifs et stratégie de suivi

Les objectifs liés à la mise en place de prélèvements ADNe sur le territoire sont multiples et concernent principalement la Lamproie marine et l’Alose feinte de Méditerranée :

Dans le cas de la Lamproie marine, l’objectif est de :

– Créer une veille sur les cours d’eau et maximiser les chances d’observations de l’espèce

Dans le cas de l’alose feinte de Méditerranée, les objectifs sont de :

– Créer également une veille en maximisant les chances d’observations sur certains fleuves côtiers (fleuves des Pyrénées Orientales, Argens)

– Appréhender la fonctionnalité de la continuité écologique

– Appréhender les fronts de migration de l’espèce

Dans le cas de l’anguille, l’utilisation d’autres techniques comme les pêches spécifiques « anguillettes » ou l’outil « flottang » s’avère à priori plus pertinente.

L’utilisation de cet outil entre donc dans le cadre des objectifs communs à l’ensemble des acteurs du territoire qui œuvrent en faveur des compartiments aquatiques (amélioration de la qualité des milieux, préservation de la faune aquatique…). Ces objectifs sont cités au PLAGEPOMI 2022-2027.

Ces analyses ADNe, qui viennent en complément du suivi de la reproduction et de la pêcherie amateur, permettent d’identifier les schémas de migration et les axes colonisés annuellement par les aloses, tout en permettant de rechercher des traces de présence de la très rare lamproie marine.

5. Partenaires techniques de suivi

6. Rapports d'études

Il est expressément convenu que les informations et études disponibles demeurent, en tout comme par parties, propriété exclusive de la structure autrice et n‘entraînent donc strictement aucun transfert de droit, quel qu’il soit, en faveur du Contractant. Ces rapports et leurs contenus mis à disposition gratuitement ne peuvent pas faire l’objet d‘une valorisation commerciale, dans quelque contexte que ce soit.
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