Observatoire ALOSE FEINTE DE MEDITERRANEE

1. Espèces ciblées

Les espèces prioritairement visées dans le cadre du suivi ADNe sont l’Alose feinte de Méditerranée et la Lamproie marine.

Concernant l’alose, l’objectif est la localisation des fronts de colonisation, l’évaluation de la reconquête des milieux après des travaux de restauration de la continuité, ou encore la détection de présence sur les cours d’eau où la colonisation n’est pas encore avérée ou rare . Concernant la lamproie, étant donné la très faible dynamique actuelle de l’espèce, l’ADNe permet d’augmenter les chances de détection et donc de disposer d’indices de présence sur le bassin Rhône Méditerranée.

L’anguille colonise beaucoup plus largement les cours d’eau et les secteurs amont des fleuves côtiers que les deux espèces précédentes. Sa présence n’atteste donc pas de la fonctionnalité de dispositifs de franchissements ou de la récente reconquête des milieux. Les informations relatives aux tailles des anguilles sont bien plus parlantes pour cela, de même que les abondances. L’ADNe ne donnant pas d’indication sur ces eux composantes, l’outil s’avère moins utile pour le suivi de l’espèce.

L’utilisation de l’ADNe est également pertinente pour détecter des espèces d’intérêt patrimoniale ou halieutique comme l’Apron du Rhône (Zingel asper) ou d’autres présentant un intérêt halieutique, comme le brochet (Esox lucius).

2. Résultats des prélèvements 2021

2.1. Résultats globaux toutes espèces :

La détection positive de chacune des espèces est symbolisée par ce sigle :

L’ensemble des échantillons réalisés par MRM n’a permis de détecter la présence de la lamproie marine dans aucun des cours d’eau échantillonnés. Même si la méthode ADNe ne permet pas de certifier l’absence d’une espèce, cette absence de détection va dans le sens des observations de ces dernières années : la Lamproie marine est en train de disparaître du bassin Rhône Méditerranée. Le constat est alarmant pour cette espèce.

2.2. Analyses des résultats par cours d’eau :

 Le front de colonisation du Rhône et de ses affluents par les aloses :

Des prélèvements ont été effectués sur le Gardon au niveau du seuil de Callet, sur la Durance en aval du seuil 68, l’Ardèche en aval du seuil de Sous Roche, sur le Vieux Rhône de Montélimar, l’Eyrieux et la Drôme.

Sur le Gardon, l’alose a été détectée jusqu’au niveau de seuil de Callet. Sur la Durance, les différents prélèvements réalisés depuis 2018 montrent que l’espèce peut coloniser cet axe jusqu’au niveau du seuil 68. Sur le Rhône, la présence de l’alose a été détectée jusqu’à l’aval du barrage de Donzère dans le cadre de prélèvements réalisés par la CNR. Concernant l’Ardèche, le Vieux Rhône de Montélimar, l’Eyrieux et la Drôme, aucune alose n’a été détectée sur ces différents secteurs. Il est fort probable que les forts débits rencontrés sur le Rhône et ses affluents au mois de mai 2021 aient eu un impact sur la montaison des aloses.

Les fleuves côtiers :

Sur l’Agly, la présence de l’alose apparaît sporadique et n’est pas confirmée cette année. La persistance du cordon dunaire à l’embouchure de l’Agly durant l’hiver 2020-2021 peut expliquer cette absence de détection. Dans ces conditions, les aloses cherchant à coloniser cet axe sont bloquées au niveau du passage à gué de Rivesaltes.

Sur la Têt, la présence de l’alose est confirmée ces deux dernières années à Perpignan, dans un contexte de travaux d’aménagements des seuils situés dans la traversée de cette ville. Ce résultat est donc très encourageant. Une évolution des objectifs vers un suivi de reconquête de l’axe par les aloses sera à envisager dès la fin des travaux d’aménagement des seuils, prévue en 2023.

Sur le Tech, les prélèvements 2021 ont validé la présence de l’alose en aval du seuil de Pont d’Elne. Des captures d’individus cette saison appuient cette détection, et prouvent la présence de l’espèce sur cet axe après plusieurs prélèvements infructueux. Ces résultats attestent du fort enjeu de reconquête sur le Tech, et permettent d’appuyer la nécessité d’aménagement du seuil du Pont d’Elne. Ces améliorations permettraient aux aloses d’accéder à des zones de frayères potentielles de bonne qualité, situées en amont de cet obstacle.

Sur l’Orb, l’alose a été détectée en aval du second ouvrage (Pont-Rouge), mais pas en amont. A ce jour, il est donc encore difficile d’établir précisément la fonctionnalité des deux premiers ouvrages rencontrés par les aloses sur L’Orb. Pourtant, l’Orb est positionnée entre l’Hérault et l’Aude, deux fleuves régulièrement colonisés par les aloses, ce qui permet d’envisager un potentiel de colonisation intéressant sur cet axe si des mesures de gestion/restauration appropriées sont mises en place.

Sur l’Hérault, un prélèvement a été réalisé en aval du seuil de Castelnau de Guers. L’alose n’a pas été détectée. Le signal alose disparaît entre le barrage de Bladier Ricard et ce point de prélèvement.

Sur le Vidourle, l’alose a été détectée sur le site de Saint Laurent d’Aigouze dès le mois d’avril. La migration de reproduction sur cet axe semble précoce par rapport aux autres sites. Les prélèvements réalisés par la FDAAPPMA30 en amont du seuil de Villetelle (aménagé en 2020) ont permis de mettre en évidence la présence de l’espèce, tout en attestant de la fonctionnalité de la passe à poissons dès sa première année de mise en eau. Cette donnée illustre la rapidité avec laquelle les aloses peuvent coloniser des axes récemment réouverts.

Sur l’Argens, la détection de l’alose en aval du seuil du Verteil vient, tout comme en 2020, conforter l’efficacité de la politique locale de restauration de la continuité (seuil du Muy tout récemment équipé, équipement du seuil du Verteil lors de l’étiage 2021).

3. Protocole de prélèvement

L’ADN environnemental (abrégé ADNe)  est une technique de prélèvement qui permet d’identifier les espèces présentes dans un cours d’eau à un instant t, en filtrant puis en identifiant les traces d’ADN qu’elles laissent dans l’environnement. La technique comprend deux étapes :

1- Une phase de collecte, réalisée sur le terrain. A l’aide d’un dispositif permettant d’aspirer des fragments d’ADN contenus dans l’eau, deux opérateurs filtrent l’eau du cours d’eau durant 30 minutes pour concentrer l’ADN.
2- Une phase d’analyse, réalisée en laboratoire. Cette seconde phase mobilise des techniques de biologie moléculaire (PCR, séquençage, amplification, etc.), qui permettent d’isoler les fragments d’ADN provenant de différentes espèces, puis d’identifier les espèces en question. Encore expérimentale il y a quelques années, cette approche novatrice prend aujourd’hui de l’ampleur et trouve de multiples champs d’application en écologie.

4. Objectifs et stratégie de suivi

Sur le bassin Rhône-Méditerranée, les enjeux « migrateurs » présentent des spécificités propres à chaque territoire, avec une forte variabilité de l’accessibilité aux habitats favorables et une intensité de colonisation fluctuante pour les aloses.

4.1. L’Axe Rhône :

Les enjeux sur le Rhône et ses affluents sont multiples : c’est tout d’abord sur cet axe que se concentrent 80 % des habitats favorables à la fraie des aloses connus en Rhône-Méditerranée. Les nombreux progrès en termes de continuité écologique tendent également à favoriser l’accès à ces zones de reproduction, même si travail de restauration est encore loin d’être achevé. Des campagnes de prélèvements ADNe sont ainsi conduites annuellement sur le cours principal du Rhône au niveau du barrage de Rochemaure (situé à environ 150 km de la mer), ainsi que sur divers affluents (Gardon, Durance, Cèze, Ardèche, Drôme, Eyrieux), à proximité de la confluence ou en aval de points de blocages spécifiques.

4.2. Les fleuves côtiers :

La colonisation des fleuves côtiers par l’alose feinte est étudiée au travers de multiples stations de prélèvement réparties sur le pourtour méditerranéen. Des prélèvements ADNe sont ainsi conduits annuellement sur les fleuves côtiers Tech, Têt, et Agly (Pyrénées Orientales), mais aussi sur l’Aude, l’Orb, l’Hérault et le Vidourle, ainsi que sur l’Argens, ce dernier étant situé dans la région PACA. Les limites de colonisations actuellement connues sur ces fleuves côtiers se situent globalement dans les 20 à 30 premiers kilomètres en amont des embouchures. Les stations de prélèvements sont ainsi positionnées à proximité de ces points de blocages.

Ces analyses ADNe, qui viennent en complément du suivi de la reproduction et de la pêcherie amateur, permettent d’identifier les schémas de migration et les axes colonisés annuellement par les aloses, tout en permettant de rechercher des traces de présence de la très rare lamproie marine.

5. Partenaires techniques de suivi

6. Rapports d'études